Hasta el final sostuvo que era inocente. Tuvo casi cuatro años para armar su defensa y convocar a testigos que respaldaran su versión. Aseguró que quería a su suegra como a su madre. Mario "El Lobo" Estequín se mostró como una víctima a lo largo del juicio. Pero al final los jueces consideraron que todo lo que había dicho era mentira. Y, tal como lo había solicitado la fiscala Marta Jerez de Rivadeneira, lo condenaron a 20 años de cárcel por haber asesinado a Margarita del Valle Pereyra el 16 de enero de 2004. Un solo beneficio obtuvo el imputado: no se dio por probado que desmembró el cuerpo mientras la víctima estaba viva. Fue sentenciado por homicidio simple y enviado a prisión. Al terminar la audiencia se produjeron incidentes.